Организационно-методический отдел является центром организации противотуберкулезной работы и одновременно центром мониторинга туберкулеза на территории Забайкальского края. Он отвечает за проведение всех противотуберкулезных мероприятий и координирует работу всех медицинских организаций края, участвующих в оказании противотуберкулезной помощи населению.

Организационно-методический отдел фтизиопульмонологического центра  осуществляется мониторинг основных эпидемических показателей по туберкулезу (заболеваемости, смертности), лечения и диспансерного наблюдения контингентов службы, а также профилактических осмотров населения на туберкулез. Отдел ежемесячно осуществляет сбор  и анализ статистической отчетности медицинских организаций края, формирует сводные отчеты и направляет их в территориальные органы Росздравнадзора и Роспотребнадзора и Министерство здравоохранения Российской Федерации.

В отделе трудятся специалисты, которые не только свободно ориентируются в вопросах профилактики и лечения туберкулезной инфекции, но и регулярно отслеживают современные тенденции в мировой и отечественной практике борьбы с туберкулезом, появление новых методов и методик лечения, учета  контингентов.

Организационно-методический отдел ГБУЗ «ЗККФПЦ» планирует дальнейшее совершенствование своей работы в направлении повышения качества медицинской помощи населению, усиления профилактического компонента, повышения эффективности использования ресурсов.