Клинико-диагностическая лаборатория (КДЛ) – структурное подразделение, дающее около 80% объема объективной диагностической информации, необходимой для своевременной постановки диагноза и контроля за эффективностью проводимого лечения.
КДЛ размещается на втором этаже главного корпуса диспансера. Общая площадь составляет 55,98 м2, имеет набор основных помещений,  где проводятся гематологические, биохимические, изосерологические (группы крови, резусы, антитела), общеклинические, микробиологические (исследования биологического материала на микобактерии туберкулеза, на ИППП, на гельминты), цитологические, исследования системы гемостаза. Лаборатория обслуживает и диспансерное отделение, и отделения стационара. Несмотря на специфику учреждения, в КДЛ проводится довольно широкий спектр диагностических исследований, особенно благодаря внедрению современного оборудования, что позволило заменить «ручные» трудоемкие малоинформативные методики на более современные, увеличить количество диагностических тестов, ускорить выполнение исследований, а при необходимости получать экстренные результаты в течение нескольких минут.
      На данный момент оснащение лаборатории представлено гематологическим анализатором на 20 параметров, мочевым анализатором, анализатором газов и электролитов, работает 2 биохимических фотометра с проточной кюветой, аппарат для электрофореза белковых фракций.
Все сотрудники имеют сертификаты и квалификационные категории.
Для сбора диагностического материала используется современная лабораторная посуда (одноразовые контейнеры, вакуэты с различными консервантами).
Ежедневный мониторинг внутрилабораторного контроля качества, участие в Федеральной системе внешней оценки качества, квалифицированный персонал, качественное оборудование и расходные материалы позволяют производить исследования на достаточно высоком уровне.